Chargé de recherche/ post-doctorant en épidémiologie et santé des élevages

Vos missions en quelques mots

La personne recrutée aura pour mission de : - mettre en œuvre et optimiser une stratégie d’échantillonnage, intégrant notamment des prélèvements environnementaux, adaptée à la détection précoce des agents pathogènes en pisciculture, et plus particulièrement des virus ; - analyser les données métagénomiques ; - comparer les méthodes de préparation des acides nucléiques et de séquençage dans le cadre de la détection métagénomique à haut débit ; - participer à la définition d’une surveillance sensible, robuste et opérationnelle applicable aux élevages piscicoles. - valoriser les résultats obtenus, notamment par la participation à la rédaction de publications scientifiques, la préparation de communications et la contribution aux rapports de recherche.

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Missions à exercer :

Participer au projet PRISM-E2 au sein de l’UMR 1225 en lien avec les cadres scientifiques de l’équipe VIRAL : • Participer à l’organisation et à la réalisation des campagnes d’échantillonnage sur les sites piscicoles ; • Comparer les performances de détection d’agents pathogènes modèles en fonction du type de matrice, de la date de prélèvement, de la stratégie d’extraction et d’enrichissement des acides nucléiques des agents pathogènes et des techniques de séquençage haut-débit ; • Mettre en relation les résultats moléculaires obtenus avec les données zoosanitaires et zootechniques des élevages ; • Participer à l’harmonisation des protocoles de prélèvement, d’analyse et d’interprétation en collaboration avec les partenaires PRISM-E2 ; • Participer à la valorisation des résultats (publications scientifiques, communication et contribution aux rapport de recherche) ; • Participer à la démarche qualité de l’équipe.

Profil recherché

• Connaissances en virologie générale • Connaissances en virologie moléculaire et en biologie moléculaire • Connaissances en bio-informatique • Connaissance des méthodes de séquençage à haut débit • Connaissance de la méthodologie scientifique • Connaissance des filières piscicoles et des principaux agents pathogènes associés

• Maîtrise des outils de virologie moléculaire et biologie moléculaire • Maîtrise ou expérience des approches de séquençage haut-débit • Aptitude au développement d’outils moléculaires • Capacité à analyser et interpréter les données scientifiques • Capacité à travailler en interdisciplinarité • Anglais scientifique écrit et oral • Aptitude au travail en équipe • Autonomie et capacité d’organisation • Rigueur scientifique

Niveau d'études minimum requis

• Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents

Éléments de candidature

Documents à transmettre

Pour postuler à cette offre, l'envoi du CV et d'une lettre de motivation est obligatoire

Poste en CDD de 6 mois, renouvelable

• Travail en prolongé sur écran • Travail en laboratoire de virologie et de biologie moléculaire • Travail de terrain

Susceptible d'être vacant à partir du 01/11/2026

Experte / Expert en biologie - SVT