Post doctorant (e) - H/F

Vos missions en quelques mots

Missions : Concevoir et conduire, en autonomie scientifique et en concertation avec le responsable d’équipe, des projets de recherche sur la contribution des éléments rétrotransposables à la régulation génique et aux changements d’état cellulaire, en intégrant données transcriptomiques et épigénomiques Activités : • Formuler des hypothèses scientifiques, définir les stratégies d’analyse et interpréter les résultats dans leur contexte biologique. • Analyser des données de transcriptomique et d’accessibilité de la chromatine à l’échelle de la cellule ou du noyau unique (sc/snRNA-seq, sc/snATAC-seq, multiome). • Identifier les éléments rétrotransposables associés aux programmes cellulaires et caractériser leurs liens avec les gènes et réseaux de régulation. • Étudier les réponses aux changements de l’environnement cellulaire, notamment à l’hypoxie et à l’activation immunitaire, ainsi que les programmes de différenciation et de neurogenèse. • Contribuer au développement et à la validation des méthodes de quantification des rétroéléments, notamment RETROSCAPE, et intégrer des données publiques et internes. • Développer des analyses statistiques et des workflows reproductibles ; documenter les méthodes, les données et le code. • Définir avec les biologistes expérimentaux les validations pertinentes et intégrer leurs résultats aux analyses. • Rédiger les manuscrits, présenter les résultats et contribuer aux demandes de financement en lien avec ses projets.

Contexte de travail : L’équipe RETROGEN, dirigée par Manvendra Singh à l’INEM, étudie le rôle des éléments rétrotransposables dans la régulation du génome, le développement et les maladies humaines. Elle associe génomique fonctionnelle, analyses unicellulaires et multiomiques et approches computationnelles, notamment dans les systèmes immunitaire et nerveux.

Profil recherché

Competences : Connaissances • Doctorat en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle ou discipline apparentée. • Génomique fonctionnelle, régulation transcriptionnelle et épigénétique ; connaissance des éléments transposables. • Analyses unicellulaires et multiomiques, statistiques et plans d’analyse adaptés aux données biologiques.

Savoir-faire • Maîtrise de R et/ou Python et de l’environnement Linux ; utilisation de ressources de calcul intensif. • Analyse et intégration de données RNA-seq et ATAC-seq ; prise en compte des biais techniques, de la variabilité biologique et des séquences répétées. • Développement de code documenté, gestion de versions (Git) et workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent). • Interprétation critique des résultats, rédaction d’articles et communication scientifique en anglais.

Aptitudes • Autonomie scientifique, rigueur et capacité à proposer de nouvelles pistes de recherche. • Organisation, gestion des priorités et aptitude à mener un projet jusqu’à sa valorisation. • Travail en équipe, échanges avec les biologistes expérimentaux et transmission des connaissances

Contraintes et risques : Travail en horaires décalés

Niveau d'études minimum requis

• Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents

• Spécialisation Formations générales

Langues

• Français Seuil

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Vacant

Chercheuse / Chercheur