Thèse : Équilibre entre les émissions de méthane et l'efficience alimentaire des ruminants

Vos missions en quelques mots

L’objectif de cette thèse est de définir comment les variations de composition et d’activité du microbiote ruminal, induites par l’ajout de suppléments anti-méthane dans les rations alimentaires, modulent l’équilibre dynamique entre émissions de méthane et efficience alimentaire chez les bovins. Cette thèse s’appuie sur trois expérimentations qui ont été réalisées dans le cadre du projet Methane2030 :

• une première expérimentation conduite sur 48 vaches laitières supplémentées avec deux suppléments anti-méthane complémentaires, cinq échantillonnages couplés de jus de rumen et de sang ont été réalisés au total, sur l’ensemble des vaches au cours de cet essai ; • une deuxième expérimentation conduite sur 40 jeunes bovins en engraissement supplémentés avec un supplément anti-méthane, trois échantillonnages couplés de jus de rumen et de sang ont été réalisés au total, sur l’ensemble des jeunes bovins au cours de cet essai ; • une troisième expérimentation conduite sur 48 génisses supplémentées dès la naissance avec un supplément anti-méthane, cinq échantillonnages couplés de jus de rumen et de sang ont été réalisés au total, sur l’ensemble des veaux au cours de cet essai.

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Votre mission consistera à étudier les modifications du microbiote ruminal induites par l'utilisation de suppléments anti-méthane et à rechercher leurs associations avec le métabolisme et l'efficience alimentaire des animaux, chez des vaches laitières et des bovins en croissance. Vous vous attacherez plus particulièrement à montrer l’évolution de la composition et des fonctions des méthanogènes ainsi que des populations bactériennes impliquées dans la dégradation des protéines, avant, pendant et après l’utilisation de suppléments anti-méthane.

Ainsi, vous serez plus particulièrement en charge de :

• rédiger une synthèse bibliographique sur les liens entre métabolisme du microbiote ruminal et métabolisme de l’hôte dans le contexte général précédemment exposé afin de structurer votre question scientifique de thèse ; • définir une stratégie de sélection des échantillons à analyser à partir des données physiologiques disponibles, en fonction des hypothèses retenues ; • produire et analyser les données omiques du microbiote ruminal et les données métaboliques de l’hôte puis les intégrer aux données physiologiques afin d’identifier les mécanismes potentiellement associés aux réponses à la supplémentation avec des suppléments anti-méthane ; • valoriser l’exploitation des données par des publications scientifiques et des communications orales en congrès scientifique.

Profil recherché

Diplôme minimum requis : Bac+5.

Formation recommandée : Bac+5 en microbiologie, analyses biochimiques ou biologie moléculaire.

Connaissances souhaitées : Fonctionnement de l’écosystème ruminal dans la nutrition de l’hôte, compétences d’analyses de données omiques, compétences de laboratoire pour la préparation d’échantillons.

Expérience appréciée : Une première expérience en laboratoire de recherche serait appréciée.

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Aptitudes recherchées : Capacité de coopération en équipe multidisciplinaire, appétence pour la recherche, capacité de synthèse, capacités rédactionnelles.

Niveau d'études minimum requis

• Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents

Éléments de candidature

Documents à transmettre

Pour postuler à cette offre, l'envoi du CV et d'une lettre de motivation est obligatoire

Personnes à contacter

• ROQUES Simon • CANTALAPIEDRA Gonzalo

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein) ; - de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ; - de la prise en charge à 50 % de votre cotisation à la complémentaire santé collective ; - d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ; - d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ; - de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ; - d'activités sportives et culturelles ; - d'une restauration collective.

Le site de Theix, situé à Saint-Genès-Champanelle, est desservi par la ligne de bus P39 de la T2C ainsi que par une ligne de transport à la demande ; il est également équipé d'un parking et de services dédiés au vélo.

Susceptible d'être vacant à partir du 01/04/2027

Chercheuse / Chercheur